一、純化水管道的流速設計
純化水管道輸送系統應使用循環方式，所有的使用點都分配在這個循環管道之上，合理的設計管道內流速有利于控制微生物的滋生。純化水泵是整個分配系統的運行動力，通過循環分配管道將純化水送至每個使用點。當輸送管道是同一個管徑的時候，前端使用點用水，后端管道內的水流量會越來越小，其流速也會隨之變小，從而出現低于流速最低設計的風險，ISPE水系統的儲存和分配中提到純化水回水流速應大于3feet/s (1feet=0.3048米)，也就是0.9144m/s，在實際生產過程中，每個客戶會根據自身企業要求設定不同回水流速標準，一般為1~1.5m/s區間范圍，為保證回水流速要求，純化水循環分配系統會安裝回水流量計用以監測回水流速，通過回水流量和純化水泵的變頻控制，來保證系統動態過程中回水流速。
二、選擇在線紫外線消毒器
1.紫外線的殺菌原理
微生物體內均含有DNA和RNA，而DNA和RNA都擁有磷酸二酯根據嘧啶堿基與嘌呤相匹配的原則連接多核酸鏈，其對紫外線光有超強的吸收能力。通常認為紫外線的殺菌原理與變異、遺傳以及破壞細胞代謝等情況有決定性作用的核酸有關，波長在200～300nm范圍的紫外線具有殺菌作用，其中波長為254nm的紫外線所產生的殺菌效果是最佳的。這是由于細胞當中的核蛋白DNA 的紫外線吸收峰值的范圍剛好是254～257nm。
2.中、低壓紫外線殺菌裝置
通常會使用中壓燈管和低壓燈管來設置紫外線燈管，低壓燈管所制造的紫外線燈管內的氣壓小于103Pa， 紫外燈用來殺菌時所發出的是單色254nm紫外光，單只紫外燈管的實際功率<100W；中壓燈管所設計出的紫外線燈管內氣壓為104～106Pa，紫外線燈管連續輸出200nm～300nm多普段紫外光，單只紫外線燈管的功率就達到了700W。微生物通過254nm紫外線光照射之后，其DNA就產生了變化，雖然如此，但是紫外線殺菌裝置還是無法完全起到殺菌作用，通常會以99.9%作為低壓燈管紫外線燈管殺菌效果的衡量標準。一些受傷的微生物，經過一段時候之后，其DNA還是會進行自我修復，因此，傳統的低壓燈管紫外線燈管只能在一定程度上控制微生物的數量，卻沒有辦法完全保證能把菌殺滅，而中壓燈管多譜段紫外線就能實現較好的效果。
三、系統周期殺菌裝置
系統運行了一個周期之后，按照系統微生物的忍耐程度，通過一系列的實驗充分證明做好周期性消毒工作是十分有必要的。周期性消毒系統分為化學消毒和熱消毒這兩大類。
化學消毒有雙氧水消毒和臭氧消毒，而熱消毒則可以是80℃以上的巴氏消毒等。
消毒的目的和過程是細菌的去除、消滅，消毒介質的滲入，促使系統微生物的污染數量減少到能夠接受的狀態。當系統使用不銹鋼管道來實現純化水輸送時，化學消毒方式和80℃的巴氏消毒方式相比，后者消毒具有更多優點。
巴氏消毒時具有在線控制溫度的能力，能夠有效的對設備和管道中水的溫度進行實時監控，通過溫度監測和閥門連鎖控制，使管道最冷點的溫度大于80℃，同時不確保消毒時間大于60min，在經過消毒之后就不需要測定消毒介質的殘留物。其消毒的過程是全自動的，因此，在正常工作時間之外就能夠進行消毒工作，并且還不需要有專人在場。大多數的生長態微生物都是不耐高溫的，并且高溫存在較強的穿透力，在相對長時間下傳遞到系統中的隔膜閥片、墊圈小細縫等化學消毒液很難起到實際作用，對這些地方起到消毒作用是化學消毒液無法做到的。1%的雙氧水需要經過1/2h 才能實現消毒效果，而60℃的熱水只要10分鐘就能起到消毒效果，通過實驗數據分析可知，以熱水作為消毒方式的監測效果要比1%雙氧水起到的消毒效果要好。使用1%的雙氧水進行消毒后，經過5～6天的時間微生物的數量又會出現反彈，堅持每30天用熱水消毒一次，在7個月之后微生物的數量就基本接近零或者是保持零的狀態。
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