潔凈手術室不是保險箱，不是做了潔凈手術室就可以高枕無憂了，還需要更加嚴格的管理，針對手術室環境衛生等相關受控環境采取有效措施，更好的落實世界衛生組織的“清潔衛生更安全”這一基礎而重要的內容，保證潔凈手術室的凈化實現手術安全。
盲目追高凈化級別或不按照標準施工,錯誤理解或導向,專門為垃圾建通道,使手術室外走廊(陽光明媚的空間給了垃圾，浪費了上天給人類的陽光,不環保,不人性!)成了污染物品的暫存、清點場所，導致不能及時清除污染源,形成真正的污染源,使得高付出的凈化手術室再次污染。
2013版的GB50333再次明確潔凈手術室的布局流程及“潔污分明”的原則，根據條件可以單通道，雙通道，多通道，潔凈中心島，或帶前室等設計，保證無菌物品不污染的原則可建潔凈中心島型通道，明確了垃圾就地打包轉運等規定，確保手術環境安全。
流程上要做到潔污分明，在布置上、流程上給出規劃。潔污分明是一切路線、操作都是明確的、可行的，符合無菌操作流程，但不等同于截然分開的“分流”（有隔離要求的除外）。操作上要做到符合無菌技術操作要求。
使用棉絨材料的清潔工具進行潔凈室清潔，穿著棉紡織的手術衣，使用棉布的手術鋪單，棉布的包裝材料，,這些因素導致手術室棉絮、灰塵粒子超標，回風口阻塞，使手術過程環境潔凈度控制失敗，導致眼科病人手術后8個人12只眼睛發生眼炎的事件發生。
回風口及室內物體表面棉絮堆積并隨著送風路徑再次揚起或阻塞回風口，影響高級別手術室的凈化效果，甚至導致二次污染。
新標準規定回風口至少要加裝中效過濾器，減少回風污染，降低運行成本，確保安全。同時要落實2005年中華人民共和國醫藥行業標準YY/T05061-7病人、醫護人員和器械用手術單、手術衣和潔凈服的標準，減少入手術室的人數及活動等綜合措施降低潔凈手術室內棉塵污染。
微塵與顆粒污染物導致術后并發癥的報道可追溯到20世紀40年代，主要包括：腹痛、粘連、肉芽腫、植入關節周邊骨質溶解、植入組織松動甚至失效等。一般認為，粘連的產生源于腹膜對手術創傷、組織缺血、以及異物微粒侵入三個主要因素所進行的自身修復反應。而動物實驗表明，剖腹手術中異物導致的腹膜粘連的可能性比組織缺血、腸道操作損傷等還要高。大量研究的證據表明，手術過程中因手術操作進入患者腹腔和傷口的細微異物顆粒與術后腹腔內肉芽腫及腹膜結節的生成有密切聯系。
Tinker等人曾利用動物實驗較為詳細地描述了大鼠腹腔內引入細微異物顆粒后肉芽腫的形成過程：異物顆粒植入24h后，顯微鏡下檢測就發現所植入異物顆粒漂浮于水腫液中并伴有多核白細胞出現；5d后，大量的纖維蛋白及多核白細胞出現并被顆粒組織所包繞；9d后，巨細胞出現，吞噬異物顆粒后的肉芽腫非干酪化病灶形成；13d后間質性纖維化出現。1991年-1993年間，鹿特丹大學附屬醫院等四所歐洲醫院對曾接受腹部手術的超過400例患者進行臨床調研。結果表明，約有25%的患者在手術縫合處發現了肉芽腫，而上次腹部手術人員采用有粉手套的39例病患中，約5%在腹腔內發現了淀粉樣肉芽腫。相關醫療記錄顯示，縫合處發現肉芽腫的患者不得不再次接受手術治療。
在大型骨科手術如全髖關節置換術中，仍有13%的患者在術后出現了植入假體周圍骨質溶解和異物顆粒導致的肉芽腫特征并充滿異物顆粒巨細胞。
據世界衛生組織調查，手術室空氣中的含菌量與手術部位感染的發生率呈正相關，浮游菌總數達700-1800cfu/m3時，則感染率明顯增高；若降至180cfu/m3以下，則感染的危險性就大為降低。
骨科手術術后，一半的手術衣外層帶菌，使用一次性手術衣和鋪巾的術后感染率明顯低于使用棉布手術衣和鋪巾系統。使用棉布組傷口感染是使用一次性組的2.5倍” （Infection rates:Textile 6.41 %， Non-woven ?? 2.27 %）[1]
手術鋪單的防水性能要求：手術衣和手術鋪單應有良好的隔水性能（例如防液體滲透的材料）， AAMI保護性屏障委員會建立了液體屏障性能分級系統，根據這一系統對醫療環境中使用手術衣和手術蓋單提出了最低要求:?
1)外科蓋單的目的是要創造手術時的無菌環境 ；
2)無菌環境的營造以無菌的蓋單鋪墊出無菌的表面，此表面用以放置手術必要的無菌器械及術者戴了無菌手套的手；
3)病人與臨近的病床區域均以無菌蓋單覆蓋，只留下以消毒過的外科切口與鄰近區 ；
4)蓋單材質的要求防止微生物在無菌區域和非無菌區域轉移；
5)結構疏松的紡織材料更容易讓微生物穿透；
6)蓋單的材質必須能有效阻擋微生物由非無菌區到無菌區 ；
7)為達效果蓋單材質必須使用防血、防水、防磨損及不產棉絨的材料 ；
8)能維持恒溫環境，進而保持病人體溫 ；
9)蓋單材質也必須能在手術間靜電情況下具有防止著火的功能；
10) 蓋單為了要達到滅菌，通常以氣體(gas)或壓力蒸氣(steam under pressure)滅菌，因此蓋單材質必須能通過氣體或壓力蒸汽才行。
1) 防止細菌與液體的穿透；?
2)完美手術蓋單的條件為柔軟、無棉絨、重量輕、堅實不透潮、無刺激性及靜電；?
3)輕而堅實可以防止熱囤積，便于貯存，節省貯存空間；?
4)單次使用的手術蓋單可減少重復使用及洗消時可能造成的污染問題，但是需要焚燒處理，不環保；
5)一次性手術衣和手術洞巾的特性：面料種類不同，產生微粒不同：Sontara小于300；加強型紙800；重復使用的280支紗棉織物4700 ，140支紗棉織物220000，而新型功能性材料長纖聚酯纖維則產塵落絮最少，可重復使用更環保。
可重復使用的手術蓋單最重要的是確保在手術正常使用下，能確保在手術時液體不會滲漏，起到切口保護作用，2015年國家食品藥品監督局發布的醫療器械分類判定表中手術器械目錄將手術衣、手術蓋單等定位2類醫療器械。
手術蓋單在清洗消毒的過程中，纖維會經歷漲縮 ,重復清洗會傷到纖維。大部分手術蓋單的說明書都認定75次的洗滌和消毒將會使手術蓋單失去阻隔功能，醫院必須監控這些手術蓋單清洗消毒的次數，才符合品管要求。
手術衣和消毒蓋布應盡量減少微粒產生來源，盡量減少或不使用棉絨布，使用無粉塵手套，進入手術室穿著潔凈服及手術蓋單應符合YY/T 0506 1-7 2005-2009要求及采取進入人數控制，限制其活動等措施。
新型長纖聚酯纖維具有高強度不斷絮、不脫塵、防塵阻菌、靜電消散，可降低粉塵吸附與對電子儀器的干擾，抗潑水，止滑效果、棉質手感、柔軟且透氣性佳，可耐多次高溫清洗及壓力蒸汽滅菌等特性符合YY/T0506規定，是取代棉和一次性使用的材料，作為潔凈服、手術衣和手術蓋單等二類醫療器械原材料值得推薦。
電外科設備已成為外科手術必備的工具之一，主要包括如高頻電刀（單極、雙極）、大血管閉合系統、氬氣刀、水刀、射頻刀、超聲刀等，但由于電外科設備在使用中形成的電磁場效應是一種看不見摸不著的物質，在實際使用中會存在一定的安全風險，因此在國家醫療設備管理目錄中，將其歸屬于“三類”高風險醫療設備。
在使用中必須符合國際電工委員會、國家相關標準以及廠家的要求和建議等，以保證臨床使用中的安全，避免相關事故的發生。
電外科設備已經成為各類外科手術室的必須設備，且超過85%的外科手術會利用到電外科設備進行外科手術的治療。在使用電外科設備進行手術時，或多或少地會出現手術煙霧，根據美國職業安全與健康管理署(OSHA)的資料統計，美國每年有多達50余萬醫護人員暴露在手術室煙霧中，其中包括外科醫生、麻醉醫生、護士和其他工作人員。對手術室煙霧的防范已引起醫療領域管理者和手術室工作人員的高度重視。
為了確保醫務人員和患者的健康安全，有效的防護措施是設置合理煙霧抽排設施與阻止煙霧吸入。
美國2011-2014年的最新研究報告:手術室空氣中的微生物可成為導致手術部位感染致病菌的重要來源。高效空氣過濾器(HEPA)可提供最好的環境（SDC-9）。影響手術室中空氣污染的因素很多，若不控制則影響手術室空氣的潔凈度。如
1、進入潔凈室不穿潔凈服；
2、對室內的溫濕度調節控制不及時或失敗；
3、供應空氣的質量，空氣交換的頻率；
4、手術室中的人數，手術室工作人員的走動，人體每天有將近100萬含各種微生物的皮膚鱗片從正常皮膚上脫落！
導致手術部位感染的微生物來源是患者自身的微生物占50%，來源于手術者的微生物占35%；因此病人的手術部位的蓋單和工作人員服裝的質量，是否能有效的屏蔽微生物是雙向防護的根本，是降低手術部位感染，減少職業感染的關鍵；
此外，手術環境的清潔過程的質量，如衛生方式，工具的材質，處理過程等其相關的受控條件及感染控制的水平等決定了潔凈手術室的凈化效果，因此，加強相關環節的控制，綜合治理才是王道。