實驗室通風設計與舒適性空調系統的通風設計是有區別的。實驗室通風設計有實驗用的通風柜排風和室內平時排風兩種，通風柜排出實驗中產生的有害氣體(臭氣、濕氣以及易燃、易爆、腐蝕性氣體)。以前通風柜是作為實驗臺的輔助設備，而目前實驗臺上進行的實驗逐漸轉移到了通風柜內，使用臺數的日益增多，就要求通風柜具有最適于實驗使用的功能，要求通風柜具有排放功能、小倒流功能、隔離功能、補風功能等，不只是提供舒適的工作環境，減少人員暴露在危險空氣下的可能，還要保證工作人員的身體健康，不造成傷害。通風柜的類別很多，包括中央實驗臺、邊臺、藥品柜、器皿柜等，這些通風柜是實驗室設備中最重要的設備。但它并不是室內唯一的排風裝置,實驗室還有平時排風口，布置在儀器室或產生危險物質的儀器上方。
(1)實驗室通風系統的設置原則是有毒、無毒分開排放，有機物、無機物分開排放。根據各學院實驗室的實際情況，每個實驗室排風系統基本是單獨設置的,少部分實驗室排風系統是同層相同功能房間的多臺并聯系統。
(2)實驗室通風柜排風與室內排風共用一套排風系統(風管及風機)。風機風速有三擋(或為變頻風機)，低速時為室內平時排風(換氣次數見室內設計參數)，中速時為通風柜排風(1600m3/(臺●h))，高速為室內平時排風加通風柜排風。風機設置在屋面，排風管為負壓，完全避免有害氣體在室內泄露。
(3)各通風系統均配有排風補風系統。低速排風時的補風由室內人員新風補充。通風柜補風量大，為避免大量抽用房間內空氣，造成能源的浪費，采用了帶補風的通風柜，補風由室外直接供給。補風管設電動風閥，與通風柜排風聯動，通風柜排風時抽吸室外風補風。補風在柜內循環后排排除室外,設計中大部分通風柜選用了上部排風和通風柜后側補風的形式。雖然在控制上復雜一些,但為今后使用提供了便利。
(4)對通風柜操作面的吸入風速進行控制，防止有害氣體逸出。對一般無毒的污染物風速控制為0.25~ 0.38m/s。對一般無毒的危險的有害物風速控制為0.4~0.5 m/s，劇毒或有少量放射性物質風速控制為0.5~0.6m/s。為了確保通風順暢，排風機應有必要的靜壓。另外，確定排風風速時還必須注意噪聲問題，通風管道內流速以5~8m/s為限。
(5)潔凈實驗室的通風設計如下：
①對有潔凈等級要求的正壓實驗室、回風與經過集中處理的新風混合后進入空調機組的潔凈實驗室，機組內設中效過濾，房間送風口設高效送風口，回風口處設空氣阻尼層，氣流組織采用上送側回；通過調節回風阻尼層阻力調節回風量，以實現對潔凈室的正壓控制。在機組新風入口處設電動風閥，與潔凈空調機組聯鎖。潔凈實驗室送風量通過緩沖間壓出，在緩沖間外的實驗室房間常配有通風柜排風和房間排風，滿足各房間的壓力梯度。
②對有潔凈等級要求的負壓實驗室，如動科院寄生蟲實驗室的細胞培養室，既要保證潔凈，又要保持負壓。送入潔凈間的風量為此房間排風量的70%~80%，并加定風量閥鎖定送風量。排風機與空調機聯鎖運行，排風口處加定風量閥，以滿足實驗室壓力梯度的要求。另外，與正壓實驗室不同的是負壓潔凈實驗室外的房間內仍要保證為同潔凈等級，因此潔凈空調其余20%~30%的風量送至實驗室輔助房間、非實驗區域，使氣流流向從安全區到產生危險物質的實驗房間，既保證污染源不泄漏，又保證了實驗室的潔凈等級。
(6)一些有特殊排風要求的實驗室(例如有藥品柜、安全柜的實驗室)，其排風機配置變頻器，實現24小時不間斷排放。而一般實驗室房間排風均為負壓，壓差約5Pa。
(7)有的通風柜內需要安置電爐，有的實驗產生的大量酸堿有害有毒氣體具有極強的腐蝕性，通風柜的臺面、襯板、側板都應具有防腐功能。使用硫酸、硝酸、氫氟酸等強酸的場合，還要求通風柜的整體材料必須防酸堿，須采用不銹鋼或玻璃鋼材料制造。風柜內襯板材質采用環氧樹脂板。
(8)實驗室的A聲級噪聲限制值為50dB，增加管道截面尺寸可以降低噪聲，考慮到管道的經費和施工問題，大部分風量為1600m3/h的通風柜與實驗室房間的管道、有平時排風要求的豎井的截面尺寸多數為350×400mm。
(9)實驗室排出的有毒和酸堿腐蝕性極強的氣體會對環境造成污染，在排入大氣前根據氣體的成分采取吸取、過濾等措施對其進行凈化處理，使排出氣體有害成分低于國家環保衛生要求。例如動物房的氣體經過粗效和中效過濾后，直接排入大氣，排出口應高出頂部3m以上。
(10)潔凈實驗室事故排風換氣次數為12 h-。事故排風裝置的控制開關應分別設在潔凈室和室外便于操作的地點,并應與凈化空調機聯鎖，室內宜設報警裝置。
(11)對需要氫氣、乙炔和燃氣的實驗室，要作好房間內的通風。當實驗房間沒有可開啟外窗時還要設置燃氣泄漏報警裝置(防爆型)和事故排風(換氣次數為12h-)，控制開關設在實驗室便于操作的地點。
(12)空壓機房設通風，保證站內設計溫度低于40℃。2臺空壓機共用1個排風管，排熱至室外，空壓機進風口與冷卻用空氣均來自室外新風。
(13)對豎向設置的發熱量較大的網絡機房設豎向集中排風，可有效控制服務器機房的溫度。
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