為了特定目的而在室內造成一定的空氣流動狀態與分布，通常叫做氣流組織。一般來說，空氣自送風口進入房間后首先形成射入氣流，流向房間回風口的是回流氣流，在房間內局部空間回旋的則是渦流氣流。為了使工作區獲得低而均勻的含塵濃度，潔凈室內組織氣流的基本原則是：要最大限度地減少渦流；使射入氣流經過最短流程盡快覆蓋工作區，希望氣流方向能與塵埃的沉降方向一致；使回流氣流有效地將室內灰塵排出室外。可見潔凈車間與一般的空調車間相比是完全不同的。潔凈室的氣流組織形式和換氣次數的確定，應根據熱平衡、風量平衡以及凈化要求計算而得到，并取最大值。
潔凈室的氣流組織形式是實現凈化環境的重要保證措施。一般氣流組織形式有非層流方式或層流方式兩種。用高度凈化的空氣把車間內產生的粉塵稀釋，叫做非層流方式(亂流方式)。用高度凈化的氣流作為載體，把粉塵排出，叫做層流方式。層流方式有垂直層流和水平層流兩種。從房頂方向吹入清潔空氣通過地平面排出叫垂直層流式，從側壁方向刮入清潔空氣，從對面側壁排出叫水平層流式。亂流方式由于換氣次數的變化潔凈度也隨之變化，但通常潔凈度要求10000級時，換氣次數在25~35次/小時范圍內；潔凈度要求100000級時，換氣次數在15~25次/小時范圍內；潔凈度要求300000級時，換氣次數在12~18次/小時范圍內。層流方式通常規定了氣體流速為0.25~0.5M/S。
1.亂流方式的優點：
1)過濾器以及空氣處理簡便；
2)設備投資費用較低；
3)擴大生產規模比較容易；
4)與凈化工作臺聯合使用時，可以保持較高的潔凈度。
2.亂流方式的缺點：
1) 室內潔凈度易受作業人員的影響；
2)易產生渦流有污染微粒在室內循環的可能；
3)換氣次數低，因而進入正常運轉的時間長、動力費用增加；
3.垂直層流式的優點：
1)不受室內作業人數作業狀態的影響，能保持較高的潔凈度；
2)換氣次數高，幾乎在運轉的同時就能達到穩定狀態；
3)塵埃堆積或再飄浮非常少，室內產生的塵埃隨氣流運行被除去，迅速從污染狀態恢復到潔凈狀態。
4.垂直層流式的缺點：
1)安裝終濾器以及交換板麻煩，易導致過濾器密封膠墊破損；
2)設備投資費用較高；
3)擴大生產規模困難。
5.水平層流方式的優點：
1)因渦流、死角等原因使塵埃堆積或再飄浮的機會相對減少；
2)換氣次數高，因而自身凈化時間短；
3)室內潔凈度不大受作業人數和作業狀態的干擾。
4)需要完善的衣帽間、工作服清洗間、更衣室、風淋室等緩沖系統。
6.水平層流方式的缺點：
1)受風面近能保持高潔凈度，但接近吸風面，潔凈度則隨之降低；
2)擴大生產規模困難；
3)設備投資費用較高；
4)需要完善的衣帽間、工作服清洗間、更衣室、風淋室等緩沖系統。
從上述分析可以看出：若把操作室全部凈化系統設計成上述層流的方式，則設備和附加工程投入費用較高，因此，在這種情況下可以考慮采用局部層流凈化方式。這樣對潔凈車間大面積的環境潔凈級別就可以不需要那么高，而且實際上要使一個潔凈車間的全部潔凈度均都達到100級是很困難的。
在潔凈室內一般采用上送下回的送回風方式。上送上回的送回風方式雖然在某些空態測定中可能達到設計的潔凈度級別的要求，但是在動態時很不利于排除污染，所以是不宜推薦的方式，這是因為：
1)上送上回容易形成某一高度上某一區域氣流趨向停滯，當使微粒的上升力和重力相抵時，易使大微粒(主要是5μm微粒)停留在某一空間區域，所以對于局部百級情況下不利于排除塵粒和保證工作區的工作風速；
2)容易造成氣流短路，使部分潔凈氣流和新風不能參與室內的全部循環，因而降低了潔凈效果和衛生效果；
3)容易使污染微粒在上升排出過程中污染其經過的操作點。導致給產品帶來交叉污染。但是在潔凈區走廊中由于沒有操作點，如用上送上回則一般不存在這種危險。另外在潔凈區其兩邊房間之間沒有特別的交叉污染的條件下，或在30萬級的低要求潔凈室采用上送上回方式也是可以允許的。
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