工藝用水與工藝用氣在無菌醫療器械生產上都普遍使用，這些設施雖可以是安置在潔凈廠房外的獨立設備，但由于產品實現過程中的各種特定條件的要求，其使用點一般均設在潔凈室內，并且與產品多次接觸，或直接參與產品的化學、物理和生物檢查過程，這些基礎設施的清潔程度往往要比空氣潔凈程度對于產品質量有更加直接的影響。
1、工藝用水的凈化
工藝用水分為原水、純水(即去離子水、蒸餾水)和注射用水。通常工藝用原水為自來水，它是用天然水在水廠經過凝聚沉淀與加氯處理得到的，但用工業標準來衡量，其中仍然含有不少雜質，主要包括溶解的無機物和有機物、微細顆粒、膠體和微生物等。
無菌醫療器械生產中工藝用水的主要指標有電阻率、PH 值、重金屬含量、細菌、熱原等；工藝用水的“純度”是相對而言的，通常多把脫鹽水、蒸餾水、去離子水統稱為純水。純水的電阻率(25℃) 一般在0.1~1.0×106~1.0×107Ω/cm 之間，含鹽量在1.5mg/L~0.1mg/L以下，有一個相當寬的區間。實際上的理想的“純水”是沒有的，因為它具有極高的溶解性和不穩定性，極易受到其它物質的污染而降低純度。去離子水必須用飲用水為水源，經離子交換而制備，蒸餾水可用飲用水經蒸餾而制備，純水的制備還可以采取反滲透的方法。但純水仍不能去除熱原，所以注射用水必須用上述方法制得的純水再進一步通過蒸餾而制取。純水制備系統沒有一種固定模式，要綜合權衡多種因素并可根據各種純化手段的特點靈活組合應用。既要受原水性質、用水標準與用水量的制約，又要考慮制水效率的高低、能耗的大小、設備的繁簡、管理維護的難易和產品的成本。
為了保證純水的水質穩定，制成后應在系統內不斷循環流動，即使暫時不用也仍要返回貯存容器中重新凈化后再進行循環，不得停滯。制備工藝用水和輸送工藝用水的管道及安裝必須采用符合衛生學要求的材料和安裝措施。工藝用水的設施安裝完成后要按照相關的要求進行驗證確認。
2、工藝用氣的凈化
醫療器械生產所用的工藝用氣體主要指壓縮空氣。評價工藝用氣體潔凈度的指標一是純度，二是氣體中夾帶的塵粒以及細菌數。空氣中的含塵量為1140~265 粒/L (0.3μ m)。從氣體發生站用管道輸出的氣體中含塵量大于600粒/L (≥0.3μ m)。而生產用氣體- -般要求的含塵量不大于3.5粒/L (≥0.5μ m)。因此必須要在管道使用的末端安裝塵粒過濾器。其過濾器多采用微孔濾膜，常用的濾膜有0.22μ m、0.45μ m、1μ m、3μ m、5μ m等不同的孔徑，選擇不同的濾膜從而可以達到所需的壓縮空氣凈化程度。
3、潔凈區域的排水
潔凈區排水系統系指室內排水系統。室內排水系統的任務是把零件清洗與衛生器具和生，產設備排除的污水迅速排到室外排水管道中去，同時需防止室外排水管道中的有害氣體、臭氣、害蟲等進入室內，產生微生物污染。因此潔凈區域的排水系統也是極其重要的。無菌醫療器械企業所產生的污水一般有三大類：
1)生活污水：包括衛生潔具、洗手設施、淋浴設施及其他日常生活等排出的污水；
2)生產廢水：是指生產過程中所產生的污水和廢水，包括產品零件清洗，工裝設備及工位器具和容器的清洗用水、工藝冷卻用水等；
3)雨水：包括屋面的雨水及融化的雪水。
無菌醫療器械生產潔凈室內排水必須遵守有關規定，采取的措施主要有：
1)100級的潔凈室內不宜設置水斗和地漏，10000級的潔凈室應避免安裝水斗和地漏，在其它級別的潔凈室中應把水斗及地漏的數量減速少到最低程度；
2)潔凈室內與下水管道連接的設備、清潔器具和排水設備的排出口以下部位必須設計水彎或水封裝置；
3)潔凈室內的地漏，要求材質內表面光潔不易腐蝕，不易結垢，有密封蓋，開啟方便，能防止廢水、廢氣倒灌，必要時還應根據產品工藝要求，灌以消毒劑進行消毒滅菌，從而可以較好地防止污染；
4)生產中產生的酸堿清洗廢水亦應設置專用管道，應采用耐腐蝕的不銹鋼管道、PVC塑料管或ABS工程塑料管中引至酸堿處理裝置；
總之，潔凈區域應盡量避免或減少安裝水斗和下水道，而無菌操作區則應絕對避免。如確實需要安裝，則應在工程設計時要充分考慮其安裝位置并便于維護、清洗，使微生物的污染降低到最小的程度。
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